根据这一批示，南京军区司令员许世友等人研究后，于4月15日作出具体部署，同时上报中央军委与总参谋部。
他们提出：“全面地进行准备，实施时采取逐岛攻击的作战手段，并准备先攻高登或同时攻占高登与北竿塘，而后再攻占南竿塘”，具体组织指挥工作交福建军区负责。
粟裕看到部署报告后，认为福建军区机构不健全，难以承担这一复杂而艰巨的任务，因而建议南京军区派员加强。
南京军区司令员许世友、政委唐亮随即派副参谋长王德带人前往福建军区，参与对马祖作战的组织准备工作。
但时间过了两个月，总参谋部和粟裕一直没有得到福建军区执行情况的报告。
这年6月，福建军区副司令员皮定均到北京参加集训，粟裕向他了解情况。
皮定均告诉粟裕，攻打马祖的准备工作进行得很不充分，预定参战部队仍在执行一年一度的训练计划，所需登陆船只还在400—700公里以外尚未集中，他们计划在8月份用一个月时间作两栖作战演习，然后投入战斗。
粟裕听完情况介绍后，说：“对马祖作战准备工作确实很差，亟须认真进行。”
6月18日，粟裕与主管作战的副总参谋长陈赓一起约见福建军区副司令员皮定均。他说：“解放马祖的准备工作应从困难处着想，战斗与战役实施过程中力求速决，以显示我军力量强大，减少美帝干涉的机会。按照南京军区4月15日所作的全面准备逐岛攻击的部署，充分准备，确实进行。”
为了更好地说明自己的意思，粟裕当时还将三个茶杯摆成阶梯队形说：“如果先打高登进展顺利，美帝又不出面干涉，则可以接着打北竿塘，再而南竿塘；如果情况不利，应以准备打北竿塘或南竿塘的第二、第三梯队增援第一梯队，用以巩固高登，反击敌之反扑。”
粟裕还交代他们详细研究，具体计算，将研究结果报告中央军委才能最后确定和实施。
这次会见谈话，因工作人员没有作记录，皮定均记忆不准确，回去后将粟裕的话传达成意思大相径庭的内容：“对马祖列岛的作战方针：应该是全面准备同时连续攻击高登、北竿塘、南竿塘。只准打好，不准打坏，以显示我国力量的强大，战斗实施应速战速决，准备工作应细致周到，并向最困难处着想。限今年内完成解放马祖列岛的作战任务。”
两天后的6月20日深夜，彭德怀接到南京军区许世友等人的急电，首先提到皮定均因误听而错误传达的粟裕指示内容，随后说：“我们反复研究后，认为同时攻击三岛困难很大，没有一年半以上的准备，无法实施。”
他们列举了打马祖的困难和不利条件，随后说如马祖三个岛同时攻击，还不如打小金门岛（敌军一个师），距陆岸近，便于船只起航和岸上炮火支援。但也需要相当长时间准备。
这时，粟裕已于20日白天前往旅大视察，不在北京。彭德怀便于第二天上午找来当事人之一陈赓询问。
陈赓说明了“总参只是说要加紧全面准备，并未说三个岛同时攻击”，而且交代应由南京军区许世友等研究后报军委确定和实施。
彭德怀要求陈赓告诉南京军区，打马祖准备工作暂停，听候新的指示。
周恩来看到南京军区的电报后，也打电话问彭德怀，彭说不知此事，已告陈赓，要南京军区暂停准备，听候新指示，待主席（毛泽东）回京请示后再定。
6月23日，毛泽东从杭州返回北京，彭德怀将南京军区发来电报一事向他汇报。
彭德怀说：“现在看粟裕、陈赓、许世友等对军委8月13日的方针还缺乏深刻认识。叶飞在福建主要搞省委和政府工作，他也应很好地掌握军委的方针。为此提议请叶飞、许世友来北京开一次会，有利军委方针的掌握和贯彻。”
毛泽东表示同意。
7月8日，彭德怀召开关于福建沿海作战方针问题会议，总参谋部负责人粟裕、陈赓，南京军区司令员许世友、政委唐亮，福建军区司令员叶飞，南京军区空军司令员聂凤智，东海舰队司令员陶勇等人与会。
会上，粟裕说明，会见皮定均时，只是说要加紧全面准备，并未说三个岛同时攻击，皮定均可能是把“全面准备”误解为“全面攻击”。陈赓说先全面准备，攻击时再选择最小最弱的岛，符合军委8月13日作战方针。
事情到此本已澄清，但总参作战部作战处长雷英夫却说：“粟总长确曾指示，要全面准备，同时攻击”，而且将这一句话写入会议纪要的注释。
因6月18日与皮定均谈话时未作记录，虽有副总参谋长陈赓做证，但粟裕依然有口难辩，随即主动担了责任。
会议中，彭德怀借口一个空军团调动他都不知道，大发脾气。原因是这个团调动，总参早已写报告给毛泽东、彭德怀，毛泽东批了，彭德怀尚未看到。
彭德怀还就皮定均误听的传达内容生气地说：“福建作战军委早有文件，由北向南，由小到大，谁想打大的？”
会后，彭德怀于7月12日报告毛泽东：“关于福建沿海作战问题，7月8日召集了一次会议，其经过内容附记录。”
毛泽东于7月13日批示说：“6月18日讨论这么样大的问题，不得中央批准，是很错误的。”
8月31日，粟裕写了一份《关于六月十八日约福建军区副司令员皮定均同志谈攻击马祖作战准备工作的检讨》，报给彭德怀并毛泽东和中共中央，实事求是说明了处理马祖战备问题的经过。检讨中他也说明：“雷英夫同志所作记录（指7月8日会议）的注释（即雷英夫的发言）与上述情况是有出入的。”
彭德怀阅后批注：“已阅。”毛泽东阅后批示：“已阅，退粟裕同志。”同时批转刘少奇、周恩来、朱德、陈云、邓小平等中共中央负责人阅后“退毛”。一场风波，最终平稳了结。
显然，粟裕在对金门马祖战备问题上，完全是执行彭德怀“同意先打马祖部署”的批示，根本不存在所谓“擅权”。
这件事发生的时间，距粟裕被毛泽东钦点为总参谋长尚不到一年，正是对他信任有加之时。
毛泽东在粟裕作出说明后，当时也未追究他被皮定均误传的内容，更不会三年后仍然纠缠这一粟裕早已承担责任检讨过的区区小事，甚而大张旗鼓当作“擅权”加以批判。
所谓“忽视外事纪律”——实则是按照彭德怀的多次要求向苏联军队请教
中共军队长期实行的领导和指挥体制是：中央军事委员会为最高军事领导机构，通过各个总部实施对全军的领导和指挥。
1954年9月，第一届全国人大第一次会议决定在国务院下设国防部，但原有的领导和指挥体制不曾改变，总参谋部等各总部仍然直受中央军委的领导和指挥。
不过，当时国防部没有专设办公机构，而是与军委办公厅和总参办公厅共用，也就是说一个机构三块不同的牌子。
这时候，主持中央军委日常工作的军委委员（后为副主席）彭德怀又兼任国防部部长。为了体现新设立的国防部的领导作用，要求有些文电用国防部名义发出。
但哪些文电以国防部名义发出，哪些文电以中央军委或总参谋部名义发出，当时没有明确规定。
因而，粟裕担任总参谋长的总参谋部起草的文电，常常因为署名问题受到彭德怀的批评。总部机关部门感到难以适从，纷纷要求有明确规定。
1955年3月16日，彭德怀主持中央军委会议，责成总参谋部起草国防部与总参谋部职责条例。
从1955年到1957年下半年，总参谋部先后五次拿出条例草案送呈主持军委日常工作的彭德怀审批，但都一次次被打了回来。
彭德怀还多次对粟裕说：“你们问问人家是怎么分工的嘛！”当时强调以苏军为榜样，他所说的“人家”显然指的是苏联军队。
[责任编辑：杨永青]
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